Născut pe 18 noiembrie 2004 la Iași, Ștefan Lefter a început fotbalul la grupele de juniori ale celor de la Rapid București. În vara lui 2020 a fost împrumutat la Corvinul Hunedoara, pentru ca trei mai ani târziu, să fie transferat definitiv de către hunedoreni.

În stagiunea 2023-2024, a fost om de bază între buturile Corvinului, fiind utilizat în 19 partide de ligă secundă (13 în sezonul regular, 6 în play-off). De asemenea, Lefter a fost decisiv în drumul hunedorenilor către trofeul Cupei României, evoluând din postura de titular în șase din cele opt meciuri disputate de echipa sa în această competiție. Până în finală, tânărul portar a încasat doar două goluri, pentru ca în ultimul act împotriva Oțelului Galați să salveze două lovituri de departajare și să apropie Corvinul de câștigarea Cupei.

Ulterior, sezonul 2024-2025 a început pentru Lefter cu șase partied în preliminariile Europa League și Conference League alături de hunedoreni și a continuat cu alte 15 prezențe în liga secundă, dintre care a păstrat poarta intactă în cinci dintre acestea. 

Anul 2024, cel în care a început Facultatea de Inginerie la Hunedoara, i-a adus lui Lefter și debutul în naționala U20 a României, iar în ultima zi a acestui an a fost anunțat oficial transferul său la FC Universitatea Cluj.